Hola Enzo,
El problema de acceder a software criptográfico desde un navegador web no es menor. Hubo iniciativas de crear una API estandar javascript para la web pero no han tenido buen resultado. En el estado del arte de hoy en dia hay que apoyarse en alguna tecnología para poder acceder al hardware de la maquina.
Una tecnología que tuvo exito en su momento fue la de los applets Java, ya que permitia desplegar código que accede al hardware del sistema. Pero ya casi ningún navegador soporte los applets Java (en realidad el plugin Java que se basa en NPAPI). Por lo cual no es una buena alternativa hoy en día. Otra posibilidad es usar tecnologías como la de Java Web Start la cual permite mediante archivos descriptores ejecutar aplicaciones nativas y asi poder acceder al hardware. Pero nuevamente nos encontramos con problemas como que se debe de tener la tecnología instalada en el equipo del usuario y canales secundarios de comunicación entre la aplicación web y la aplicación de escritorio.
Otra via de acceder al hardware del equipo es mediante plugins del navegador. Aquí la complejidad esta en soportar la matriz de posibiidades navegador/sistema operativo para la cual hay que desarrollar el plugin.
En definitiva no hay un metodo fácil al estado del arte de hoy en día.
Justamente lo que aporta nuestro servicio es que cuenta con un plugin (Sconnect) que mantiene una matriz de compatibilidad amplia.
Una última posibilidad que aún no hemos explorado mucho pero se parece mucho al enfoque de Java Web Start es el de Web Intent (https://www.w3.org/TR/web-intents/), con esa tecnología se podría invocar a aplicaciones nativas, aunque aquí nuevamente tendríamos el problema de la matriz de compatibilidad si no se desarrolla la aplicación con una tecnología "cross-platform".
Despues existen otros matices como la autenticación TLS, pero de nuevo, depende del sistema operativo y de drivers y configuración instalada en el equipo del usuario.
Espero haya sido de ayuda.
Saludos,
Nicolas
