Buenas Leonardo,
Contame un poco mas de como estás implementado el sistema, si no es web podrías utilizar algun wrapper pkcs#11, o adpus si te animas a meterle, hay una implementacion en github https://github.com/agesic-eid/Interfaz-datosci-apdu
Pero andame contando un poco mas de contexto y quizas es mejor otro enfoque para tu solucion
Saludos,
Francisco