Hola María,
Los archivos pkcs12 se pueden generar utilizando el comendo openssl por la línea de comandos o también mediante alguna herramienta con interfaz gráfica que te simplifica un poco la tarea. Una que te puede servir es KeySotore Explorer, es un programa libre de licencia y está bastante práctico.
De todos modos te restaría darte de alta como Relying Party contra nuestro servicio, y pasarnos la clave pública del ceritficado que vayas a utilizar para firmar. Luego te hago llegar el formulario para darte de alta. En terminos prácticos, te falta la parte "Integración con DSS de AGESIC" de este instructivo --> https://centroderecursos.agesic.gub.uy/web/seguridad/wiki/-/wiki/Main/JAVA+Implementaci%C3%B3n+de+referencia+con+Servicio+de+Firma+con+C%C3%A9dula+de+identidad+electr%C3%B3nica
Saludos,
Rodrigo
